Résumé :
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Le fonctionnaire (titulaire, mais aussi stagiaire) malade ne peut exercer ses fonctions. Il a droit à des congés de maladie. Pour cela, il doit régulièrement adresser à son administration un avis d'arrêt de travail établi par un médecin, et ce dans un « délai raisonnable » (sans plus de précision malgré une jurisprudence constante). Pendant son congé de maladie, qui peut durer un an entier pendant une période de 12 mois consécutifs en cas de maladie dûment constatée, le fonctionnaire conserve l'intégralité de son traitement pendant 3 mois, puis est rémunéré à hauteur d'un demi-traitement pendant les 9 mois suivants. L'administration qui l'emploie peut, à tout moment, faire procéder à une contre-visite médicale par un médecin agréé. À l'issue de son congé de maladie, le fonctionnaire réintègre normalement son emploi, sous réserve d'un avis favorable du comité médical (si la durée de son congé a atteint les 12 mois). En cas d'avis défavorable du comité médical, le fonctionnaire peut être mis en disponibilité d'office, reclassé dans un autre emploi, reconnu définitivement inapte ou admis à la retraite pour invalidité (après avis de la commission de réforme). Le fonctionnaire (stagiaire ou titulaire) a aussi droit à des congés de longue maladie (CLM) s'il est constaté que sa maladie l'empêche d'exercer ses fonctions, rend nécessaire un traitement prolongé et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée. La durée de ce CLM est fixée à 3 ans maximum, par période de 3 à 6 mois, sur proposition du comité médical. Le fonctionnaire conserve l'intégralité de son traitement pendant 1 an et, pendant les 2 ans restants du CLM, il est rémunéré à demi-traitement. À l'issue du CLM, le fonctionnaire ne peut reprendre son travail que s'il est reconnu apte, après examen par un médecin spécialiste agréé et avis favorable du comité médical. S'il est définitivement déclaré inapte, l'agent de la fonction publique se soumet à l'avis de la commission de réforme, laquelle se prononce sur son reclassement, sa mise en disponibilité d'office ou son admission à la retraite pour invalidité. Sur demande de l'intéressé, l'administration peut, après avis du comité médical, maintenir en CLM le fonctionnaire qui peut prétendre à l'octroi d'un congé de longue durée. Enfin, certains agents préfèrent quitter l'administration (ne serait-ce que pour mener à bien un projet personnel) et sollicitent une indemnité de départ volontaire, sous réserve que leur démission soit acceptée par la dite administration. Toutes ces règles sont édictées par principe dans le statut général de la fonction publique, mais leurs modalités sont essentiellement jurisprudentielles.
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